處理菌種是根據(jù)污水污染物質(zhì)種類專門培養(yǎng)出來(lái)的，對(duì)污水具有特別降解能力的菌群，如常見(jiàn)的硝化菌去除有機(jī)物、反硝化菌脫氮處理等。菌種是依靠新陳代謝來(lái)對(duì)廢水中的有機(jī)物進(jìn)行分解，因此需要一定的時(shí)間讓廢水與菌種充分混合，才能達(dá)到理想的效果，反應(yīng)時(shí)間相比化學(xué)處理長(zhǎng)，但菌種處理效果顯著，成本低廉，運(yùn)行過(guò)程中無(wú)需專人看管，使其得以廣泛應(yīng)用。

污水處理藥劑和菌種處理各有其特點(diǎn)，總的來(lái)說(shuō)，藥劑處理見(jiàn)效快，菌種處理成本低。在實(shí)際處理工程中，單一的處理方式往往難以取到良好的效果，特別是高難度有機(jī)廢水，一般需要采用多種方式聯(lián)合處理。

在污水處理使用菌種的過(guò)程中，還需考慮其他因素。比如溫度，溫度是影響細(xì)菌生長(zhǎng)和代謝的重要環(huán)境條件。絕大多數(shù)微生物正常生長(zhǎng)溫度為20~35℃。溫度主要是通過(guò)影響微生物細(xì)胞內(nèi)某些酶的活性而影響微生物的生長(zhǎng)和代謝速率，進(jìn)而影響污泥產(chǎn)率、污染物的去除效率和速率；溫度還會(huì)影響污染物降解途徑、中間產(chǎn)物的形成以及各種物質(zhì)在溶液中的溶解度，以及有可能影響到產(chǎn)氣量和成分等。