化肥廠廢水主要來自合成氨和尿素車間的濃氨氮廢水。該廢水中氨氮的主要形式為無機氨。化肥廠廢水中超過煉油廠廢水處理標準的主要污染物是氨氮、硫化物和總氰化物。這種類型的水具有氨氮含量，并含有有毒的總氰化物和硫化物特性。在處理化肥廠廢水時，無論采用何種工藝和方法，一般處理過程可分為三個步驟。

第一步：預處理。化肥廠廢水可以通過水質和水量調節、化學沉淀、浮選、隔油等方法進行初步凈化，目的是從水中分離出懸浮固體、浮油和重油等雜質。

第二步：生物純化。化肥廠廢水的生物凈化方法是利用微生物的降解作用，對排放口廢水處理中的有機溶解物和膠體物質進行生物降解，有效降低水中氨氮和COD含量。

第三步：深度凈化。所使用的技術主要包括活性炭吸附、臭氧氧化、膜分離等，目的是降低廢水中的COD含量和色度，吸附氣味、氣味和其他難以被微生物降解的有機和溶解性無機污染物，并徹底凈化廢水達到標準。

需要注意的是，由于不同化肥廠廢水的質量、數量和處理標準不同，廢水運營商在選擇處理方法方面也存在顯著差異。化肥廠整個廢水處理過程中使用的主要凈水器是聚合氯化鋁和聚丙烯酰胺。其中，在廢水絮凝沉淀過程中，聚合氯化鋁和陰離子聚丙烯酰胺的組合常用于綜合性食品廠廢水，陽離子聚丙烯酰胺常用于污泥脫水處理。陰離子聚丙烯酰胺和陽離子聚丙烯酰胺的選擇應基于水質。